В Windows Server 2012 нет привычного меню "Автозагрузка".
Для автоматической загрузки программы при входе пользователя необходимо добавить ярлык программы в папку "Автозагрузка":
C:\Users\UserName\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Если программа должна запускаться для всех пользователей, то ставим ее в папку:
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup